Инициатором создания Летней школы был профессор В.Г. Пивоваров, ее основателями – ректор КрасГУ профессор В.С. Соколов и доцент В.О. Бытев.

В августе 1976 года 40 учеников и 7 сотрудников приехали в пионерский лагерь “Таежный”, началась первая Летняя физико-математическая школа при КГУ (ЛФМШ).

1977 – Школа проходила в лагере “Сибиряк”.

1978 – Более 100 учеников собрала ЛФМШ-78, в которой на озере Улюколь была разработана система жизни КЛШ, делающая её непохожей на обычный школьный лагерь. С той поры основная задача Летней школы – развитие интереса к самостоятельному изучению наук, к самопознанию и совершенствованию.

В 1979 году образовалось биолого-химическое отделение и Школа приобрела свое привычное название – КЛШ(расшифровывавшееся тогда как “Краевая летняя школа”). С этого сезона КЛШ получила постоянную прописку в пионерском лагере “Таежный” Норильского горнометаллургического комбината.

В 1980 году на базе КЛШ был проведен Первый всесоюзный семинар организаторов летних школ.

С 1981 года появилось отделение информатики и началось изучение ЭВМ.

В КЛШ-85, где на торжествах в честь 10-летия школы ректору университета В. Соколову и ректору ЛФМШ-76 доценту В. Бытеву было присвоено звание “Отец-основатель”, присутствовало уже 240 школьников и 70 преподавателей.

В 1986 году в Школе появилось отделение лингвистики, состоялась первая традиционная Барабановская экспедиция по восстановлению церкви св. Праскевы. На теплоходе “Литва” состоялась первая интенсивная Школа космонавтики. В последующие годы увеличилось число школьников и сотрудников Школы. Появились оригинальные научные и научно-спортивные состязания. Были открыты Английский и Вечерний клубы, Барабановская экспедиция, Самовары, комплексный научный турнир и др.

C 1987 года Школой руководит Совет КЛШ. В этом году курс лекций по математике читал настоящая легенда – Борис Владимирович Шабат. Организована первая Большая биологическая игра “Заселение планеты”.

В КЛШ-88 работали 60 сотрудников-энтузиастов, более 250 старшекласников из Красноярского края, Дальнего Востока, Московской области, Перми, Тувинской АССР, Горького изучали физику, математику, биологию, информатику, химию. Впервые в истории КЛШ был прочитан комплексный курс по естествознанию. Появилось независимое педагогическое течение “Нооген”, затем выделевшееся в отдельную школу.

1989 – По материалам КЛШ выпущена книга “На стыке всех наук”.

В 1990 году окончательно сформировалась традиция проведения последнего мероприятия – “Свечи”.

C 1991 года Школа покинула “Таежный” и сперва прописалась в лагере “Солнечный”, а со следующего года на 5 сезонов перебралась на базу отдыха “Горный” (в 80 км к северо-востоку от Красноярска). Принципиальная удаленность от большого города и до нашего времени задает неповторимую атмосферу Школы: отдельный мир, живущий по своим собственным правилам.

1993 – Повторно (на этот раз успешно) открыт экономический департамент и сформирована команда Эпсилон – разнополая команда экономистов. В КЛШ приходит новая команда «управленцев»: М.Ю. Ильин и А.В. Лученков.

С 1994 года в КЛШ появились и закрепились У3 – послеобеденные учебные занятия.

1995 – В связи с 20-летним юбилеем КЛШ-XX было проведено Всероссийское совещание по проблемам дополнительного естественнонаучного образования. В этом же году впервые отпразднована “Медиана” для которой создана соответствующая песня.

В 1997 году Школа вернулась в “Таежный”, в качестве эксперимента команды формировались по смешаному типу.

1998 – Появление юридического департамента, был проведен первый ГУТ и полидисциплинарный биатлон. Лекции по математике читает Георгий Борисович Шабат, сын Бориса Владимировича.

1999 – Пополнение департаментов медицинским и психологическим, их общее число возросло до 9.

2000 – Базовый для КЛШ лагерь Таежный №10 “Лесная сказка” был (к огромному удивлению) переименован в “Лесная школа”, где состоялся самый многочисленный сезон Школы.

2001 – Новый директор Школы – Алексей Аверин.

2003 – На день Биохима состоялся первый карнавал.

В 2004 году прошла Барабановская экспедиция.

2005 – Юбилейная КЛШ-XXX проводилась на базе отдыха “Салют” под Канском.

C 2006 года департаменты КЛШ были объеденины в 4 направления: точных наук (объединенные математика, физика, информатика), естественных (химия, биология, медицина), лингвистических (филология, иностранные языки, позже – лингвистика), общественных (экономика, юриспруденция, психология). В ежедневных занятиях первые два опредляются выбранным направлением – а третье на выбор самого школьника (обычно из курсов своего направления).

2008 – На 6 лет директором становится Рустам Байбурин.

В 2010 году появился Биохимический турнир, не похожий ни на ФМТ, ни на ГУТ, в котором реализуются долгосрочные проекты (выращивание африканских тараканов, рачков, медного купороса и даже птенцов перепелов!).

C 2011 года Школа проводится на базе Детского оздоровительно-образовательного центра Орбита (примерно 5 км от г. Железногорска и около 50 км от г. Красноярска).

2014 – Директором КЛШ становится Диана Казакова.

2015 – Состоялся 40-й, юбилейный сезон Школы.

2016 – Вместо Матбоя был реализован новый формат: Физбой (решение физических задач на основе демонстраций опытов), была возрождена традиция проведения Тотального диктанта (текст которого – часть повествования, а прерывание самом интересном месте – часть сюжета).

2018 – В Школе впервые проводится эксперимент с учебной программой: школьники получают возможность выбирать курсы по любому направлению, а не только в рамках собственного.